碱性磷酸酶偏高可能带来多方面危害，比如在骨骼方面，青少年生长期碱性磷酸酶生理性偏高一般无危害，但若由骨骼疾病引起，像佝偻病患者，可能会出现骨骼畸形等问题，儿童时期骨骼发育受影响，会影响身高和骨骼正常结构。
骨骼系统相关危害
佝偻病引发的问题： 当碱性磷酸酶偏高是因佝偻病导致时，儿童会出现骨骼发育异常。患儿的颅骨可能变软，出现方颅等畸形，胸部会有肋串珠、鸡胸、漏斗胸等情况，四肢也会有O型腿或X型腿等畸形表现，影响孩子的身体外观和正常运动功能。骨肿瘤带来的影响： 若碱性磷酸酶偏高是骨肿瘤引起，会破坏骨骼的正常结构和强度。患者可能会出现局部疼痛、肿胀，随着病情进展，骨骼的承重能力下降，容易发生骨折，而且肿瘤还可能转移到其他部位，进一步损害身体健康。
肝胆系统相关危害
肝炎导致的损害： 当肝脏发生炎症，如病毒性肝炎时，肝细胞受损，碱性磷酸酶会偏高。此时肝脏的代谢、解毒等功能都会受到影响，患者可能会出现乏力、食欲减退、黄疸（皮肤和巩膜发黄）等症状，长期的肝炎还可能发展为肝硬化等更严重的肝脏疾病。胆道梗阻引发的后果： 胆道梗阻时，胆汁排泄不畅，也会使碱性磷酸酶升高。胆道梗阻会导致胆红素在体内堆积，引起黄疸加深，同时还会影响脂肪的消化吸收，患者会出现厌油腻食物、腹胀等症状，长期胆道梗阻还可能导致肝功能进一步恶化，甚至引发肝衰竭等严重后果。
其他系统相关危害
甲状旁腺疾病的关联： 甲状旁腺功能亢进时，会导致碱性磷酸酶偏高。甲状旁腺功能亢进会使钙磷代谢紊乱，患者可能会出现骨骼疼痛、骨质疏松等情况，还可能影响泌尿系统，导致肾结石等问题，长期钙磷代谢紊乱还会对心血管系统产生不良影响，增加心脏病的发病风险。恶性肿瘤转移的迹象： 某些恶性肿瘤发生骨转移时，也会出现碱性磷酸酶偏高的情况。肿瘤转移到骨骼后，会破坏骨骼组织，引起疼痛、骨折等问题，而且肿瘤本身还会不断生长扩散，转移到其他重要脏器，严重威胁患者的生命健康，导致患者身体状况迅速恶化。