新生儿肚子不舒服总哭闹，可能是以下情况导致的：
一、生理性因素：
1.饥饿：新生儿长期处于饥饿状态，会使胃肠道蠕动增强，从而引起肚子不舒服总哭闹。家长应做到按需哺乳，准确识别宝宝饥饿的信号。
2.进食过多：喂奶量过多会加重胃肠负担，导致新生儿肚子不舒服总哭闹。
二、疾病因素：
1.小儿肠炎：多因抵抗力下降，细菌或病毒进入体内引发感染。新生儿会出现肚子不舒服总哭闹、腹泻、缺水等症状。药物治疗包括预防脱水及必要时进行抗感染治疗。
2.急性阑尾炎：可能由于阑尾腔堵塞或病原微生物侵入，使阑尾发生化脓性改变。新生儿会有肚子不舒服总哭闹、发热、呕吐等表现。针对急性阑尾炎患儿，需要进行抗感染治疗，可能还需根据情况施行阑尾切除术。
3.肠梗阻：肠道内粪石、衣物等造成肠道堵塞，或是克罗恩病导致肠壁病变，引起肠道运行障碍而出现肠梗阻。新生儿会表现为肚子不舒服总哭闹、排气停止等，需紧急就医，可能需要手术治疗。
总之，当新生儿肚子不舒服总哭闹时，需前往医院进一步检查，用药应严格遵循医嘱。