盐酸赛庚啶有副作用。一般来说，常见的副作用包括嗜睡，大约有10% - 15%的人服用后会出现不同程度的困倦感。还可能引起口干，这也是比较常见的，发生率大概在5% - 10%左右。
神经系统方面的副作用
头晕： 部分人服用盐酸赛庚啶后可能出现头晕症状，一般发生率在3% - 8%左右，通常在用药初期较明显，随着用药时间延长可能会逐渐减轻，但如果头晕症状持续不缓解或加重，应及时就医。乏力： 约有2% - 6%的人会感觉身体乏力，这可能会影响日常的活动和工作效率，不过一般程度较轻，不影响继续用药，但如果乏力感严重，需咨询医生。
消化系统方面的副作用
食欲增加： 有研究显示，大约有5% - 10%的人服用盐酸赛庚啶后会出现食欲亢进的情况，可能会导致体重增加，所以在用药期间需要注意合理控制饮食，避免过度进食导致体重增长过多。恶心： 少数人（发生率约1% - 4%）可能会出现恶心的症状，一般程度较轻，可在饭后服药来减轻这种不适，如果恶心症状较为严重，影响到正常生活，应考虑调整用药。
其他方面的副作用
视力模糊： 大约有1% - 3%的人服用后会出现视力模糊的情况，这可能会对开车、操作机械等需要良好视力的活动造成影响，所以在出现视力模糊时，应避免进行这些危险操作。低血压： 个别情况下，可能会出现低血压的情况，虽然发生率较低（约0.5% - 2%），但也需要引起重视，尤其是本身有低血压基础疾病的人群，用药期间要密切监测血压变化。