怀孕三个月肚子疼一阵一阵的，可能由以下原因导致：
一、妊娠子宫增大：怀孕后子宫不断增大，子宫周围的韧带受到牵拉从而引起疼痛，这属于正常情况，通常无需特殊治疗，但要注意避免剧烈运动。
1.这种疼痛是由于子宫增大这一生理变化所引起。
2.其特点为疼痛一般可忍受，无其他明显伴随症状。
二、先兆流产：临床上表现为阵发性腹痛，且可能伴有少量阴道出血。如果腹痛位于下腹正中，反复发生且难以缓解，就需要及时就诊。
1.其主要症状为阵发性腹痛和可能的阴道出血。
2.下腹正中的疼痛且反复不缓解是重要特征。
三、器质性病变：如子宫肌瘤红色变性、卵巢囊肿蒂扭转等，常表现为腹痛，疼痛范围较为固定，腹痛的特点具有持续性和局限性。
1.包含了如子宫肌瘤红色变性、卵巢囊肿蒂扭转等具体病变情况。
2.腹痛的特征为固定范围、持续性和局限性。
孕期肚子出现一阵一阵疼痛时，需要到医院通过检查来辨别诱发疼痛的具体原因，以便进行针对性治疗。总之，对于孕期出现的阵发性腹痛不可轻视，要及时明确原因并妥善处理。