三代试管婴儿主要存在以下缺点：一是胚胎可利用率较低，二是活检可能损伤胚胎，三是费用比较昂贵。
一、胚胎可利用率较低：做试管婴儿时，需要夫妻分别取卵和取精子，然后让它们在体外受精形成胚胎，再选取优质的胚胎移植到子宫内以实现受孕目的。但对于三代试管婴儿来说，如果精子和卵子的质量不是特别好，形成的胚胎为非整倍体，那就很可能导致没有可使用的胚胎。
二、活检损伤胚胎：通常为了筛查遗传性疾病，需要对胚胎进行活检，而这种操作有可能会对胚胎造成一定的损害。
三、费用昂贵：三代试管婴儿的成本较高，这对于经济条件较差的家庭来说，会带来较大的经济负担。
总之，进行试管婴儿需要保持身心健康，要多注意休息，多食用营养食物，同时也要注意多补充叶酸。