口腔黏膜病的治疗方法需根据具体类型来定。一般来说，不同类型的口腔黏膜病治疗方式有差异。比如复发性阿弗他溃疡，局部可使用含漱剂，像0.1%依沙吖啶溶液等，能起到清洁、杀菌、促进愈合的作用。
局部药物治疗
含漱剂使用： 0.02%氯己定含漱液可用于多种口腔黏膜病的辅助治疗，能抑制细菌生长。对于疱疹性口炎，局部可涂抹阿昔洛韦软膏，有抗病毒的作用。散剂应用： 冰硼散可用于缓解口腔溃疡的疼痛，促进创面愈合，将其撒于患处即可。
全身药物治疗
免疫调节剂： 对于自身免疫性口腔黏膜病，如天疱疮等，可能会使用糖皮质激素，如泼尼松等，但需在医生严格指导下使用，因为这类药物有较多副作用，像可能导致免疫力下降、骨质疏松等问题。还有转移因子等免疫增强剂，可用于提高机体免疫力来辅助治疗口腔黏膜病。抗病毒药物： 若是由病毒引起的口腔黏膜病，如单纯疱疹，除了局部用阿昔洛韦软膏，严重时可能需要口服阿昔洛韦片等抗病毒药物，一般用药要遵循疗程，不能自行随意停药。
物理治疗
激光治疗： 对于一些口腔黏膜良性增生性病变，如口腔黏膜白斑，可采用激光治疗。激光能使病变组织凝固、坏死、脱落，从而达到治疗目的。一般治疗后要注意保持口腔清洁，避免感染。微波治疗： 微波治疗可用于口腔黏膜炎症性疾病的辅助治疗，能促进局部血液循环，减轻炎症反应，加快病变愈合。治疗时患者可能会有轻微温热感，一般无明显痛苦。