先天性心脏病有一定遗传倾向，但并非绝对会遗传。研究显示，约5%的先天性心脏病患儿是由于遗传因素导致，比如某些染色体异常综合征，像21-三体综合征（唐氏综合征）患儿中，先天性心脏病的发生率较高，约40%左右的唐氏综合征患儿合并有先天性心脏病。
遗传因素的具体情况
单基因遗传因素： 某些单个基因突变可能引发先天性心脏病。例如，编码心脏发育相关蛋白的基因发生突变，就可能干扰心脏正常的发育过程，从而导致先天性心脏病的发生。不过这类由单基因遗传导致的先天性心脏病相对较为少见。多基因遗传因素： 先天性心脏病往往是多基因与环境因素共同作用的结果。多个基因的微小变化加上环境中的不良因素，如孕妇在孕期接触放射性物质、感染某些病毒（如风疹病毒等）、服用某些致畸药物等，会增加胎儿患先天性心脏病的风险。
环境因素的影响
孕妇孕期感染： 孕妇在怀孕早期如果感染风疹病毒，胎儿患先天性心脏病的概率会明显升高。研究发现，孕期前3个月内感染风疹病毒，胎儿先天性心脏病的发生率可达50%左右。另外，孕妇感染巨细胞病毒等其他病毒，也可能对胎儿心脏发育产生不利影响。孕妇孕期接触有害物质： 孕妇长期接触铅、汞等重金属，或者处于高污染的环境中，会增加胎儿患先天性心脏病的风险。还有，孕妇孕期大量吸烟、饮酒，烟草中的尼古丁和酒精中的有害物质会通过胎盘影响胎儿心脏发育，使胎儿发生先天性心脏病的几率大大增加。
预防与筛查
孕妇孕期保健： 孕妇在备孕前3个月至孕期3个月应补充叶酸，每天0.4 - 0.8毫克，这有助于降低胎儿神经管畸形等的发生风险，同时也对预防先天性心脏病有一定帮助。孕妇要避免接触有害物质，远离放射性物质，尽量减少去人员密集且通风不良的场所，降低感染风险。产前筛查： 孕妇在孕期要按时进行产前检查，如孕中期的超声心动图检查非常重要，一般在怀孕20 - 24周左右进行，通过超声心动图可以较为清晰地观察胎儿心脏的结构和发育情况，能早期发现胎儿是否存在先天性心脏病等心脏结构异常问题，以便及时采取相应的措施。