烟雾病的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被认为可能与它的发生有关。目前研究发现，烟雾病的发生可能与遗传因素有一定关系，有研究表明约10% - 23%的烟雾病患者有家族史，存在某些特定基因变异可能增加患烟雾病的风险。
遗传因素相关
基因关联情况： 目前已经发现一些染色体区域的基因变化可能和烟雾病的发病有关，比如位于染色体6q、17q等区域的某些基因，当这些基因发生突变或异常表达时，可能干扰血管的正常发育过程，进而增加烟雾病发生的几率。
先天性发育异常方面
胚胎期血管发育问题： 在胚胎发育的特定时期，脑血管的形成出现异常。正常情况下，胚胎发育到一定阶段脑血管会按照特定的模式进行分化和构建，如果这个过程中出现障碍，就可能导致脑底动脉环及其主要分支进行性狭窄或闭塞，同时伴有异常的烟雾状血管形成，从而引发烟雾病。例如，在胚胎早期神经管发育相关的一些信号通路出现异常，就可能影响到脑血管的正常发育。
其他可能相关因素
炎症免疫因素： 有研究提示，炎症免疫反应可能参与了烟雾病的发病过程。比如机体的免疫系统可能错误地攻击脑血管相关的细胞或组织，引发炎症反应，长期的炎症刺激会影响血管的结构和功能，导致血管狭窄等病变。另外，一些感染性因素可能通过触发机体的免疫炎症反应，间接促进烟雾病的发生，但具体的机制还在进一步研究中。