怀孕后孕酮降低可能由多种原因引起。一般来说，正常妊娠时孕酮值会有一定范围，若孕酮降低，可能与胚胎发育异常有关，比如大约有50% - 60%的自然流产与孕酮低相关。
黄体功能不全：
卵巢因素： 女性卵巢中的黄体分泌孕酮，如果黄体功能不全，就会导致孕酮合成不足，从而使怀孕后孕酮降低。正常情况下，黄体期孕酮水平有一定范围，黄体功能不全时孕酮值往往低于正常妊娠相应时期的水平。内分泌调节问题： 体内一些内分泌激素的调节失衡也可能影响黄体功能，进而导致孕酮降低。例如促黄体生成素等激素分泌异常，会干扰黄体的正常功能。
胚胎发育异常：
染色体问题： 如果胚胎本身存在染色体异常，就可能影响胚胎的正常发育，进而影响孕酮的分泌。很多染色体异常的胚胎会出现流产等情况，同时伴有孕酮降低。基因缺陷： 胚胎的基因存在缺陷，也会影响其正常生长发育，导致孕酮水平下降。这种情况下，胚胎往往难以正常妊娠，容易发生流产等不良结局。
母体疾病影响：
甲状腺功能减退： 母体患有甲状腺功能减退症时，会影响身体的内分泌平衡，进而影响孕酮的分泌。甲状腺功能减退会使身体的代谢等多种功能受到影响，从而可能导致怀孕后孕酮降低。自身免疫性疾病： 像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，会使母体的免疫系统攻击自身组织，也可能影响孕酮的分泌，导致怀孕后孕酮水平降低。这类自身免疫性疾病会对妊娠过程产生不利影响，需要及时关注和治疗。