胎记形成的原因目前尚不十分明确，一般认为可能与胚胎发育过程中某些因素有关。比如，在胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行的过程中，发生了异常聚集，就可能形成色素型胎记，像太田痣等；而血管在发育过程中出现异常，就可能导致血管型胎记，比如鲜红斑痣。
遗传因素相关
部分胎记有遗传倾向： 有些胎记可能与遗传有关，比如咖啡斑，有研究发现，如果家族中有多人患有咖啡斑，那么后代患咖啡斑的概率可能会相对较高。不过遗传并不是绝对的因素，只是有一定的关联。遗传机制尚待深入研究： 目前对于胎记遗传方面的具体机制还在不断探索中，虽然知道部分胎记存在遗传相关性，但具体是哪些基因参与以及如何传递等细节还需进一步研究来明确。
胚胎发育时期因素
血管发育异常致血管型胎记： 在胚胎发育的早期，血管系统的形成出现异常，就可能引发血管型胎记。例如鲜红斑痣，是由于胚胎时期面部血管发育畸形，使得毛细血管扩张、增生等导致的。一般在婴儿出生时或出生后不久就会出现，表现为淡红色或暗红色的斑片。黑素细胞聚集引发色素型胎记： 对于色素型胎记，像先天性色素痣，是在胚胎发育过程中，黑素细胞在由神经嵴向表皮移行的过程中，发生了异常聚集，从而形成了先天性的色素痣。有的色素痣出生时就有，有的则在儿童期逐渐出现。
环境等其他因素推测
孕期环境可能有影响： 虽然还没有确凿的证据表明孕期环境一定直接导致胎记，但有一些推测认为，孕妇在孕期如果接触了某些化学物质、受到辐射等，可能会对胚胎发育产生一定影响，从而增加胎儿出现胎记的风险。不过这方面还需要更多的科学研究来证实具体的关联程度。激素水平变化影响： 有观点认为，体内激素水平的变化可能在胎记形成中起到一定作用。比如在胚胎发育时，激素水平的异常波动可能干扰了细胞的正常分化和迁移等过程，进而导致胎记的形成。但目前这方面的机制还不是非常清晰。