扁平湿疣是二期梅毒的一种皮肤表现，治疗主要以抗生素为主，通常采用青霉素类药物治疗。一般来说，规范使用青霉素类药物，大部分患者可以得到较好的治疗效果。
药物治疗的选择
青霉素类药物： 常用的是苄星青霉素，这是治疗扁平湿疣的首选药物。它通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，能有效杀灭引起扁平湿疣的梅毒螺旋体。一般需要肌肉注射，通常每周一次，连续注射2 - 3周。头孢曲松： 如果患者对青霉素过敏，可以考虑使用头孢曲松。它属于第三代头孢菌素，通过干扰细菌细胞壁的合成来达到杀菌效果，一般需要静脉给药，每日一次，持续10 - 14天。
治疗中的注意事项
早期诊断很重要： 一旦发现疑似扁平湿疣的症状，如生殖器、肛周等部位出现扁平的、湿润的丘疹或斑块，应尽早去医院就诊，进行梅毒血清学等相关检查，以便早期确诊并开始治疗。早期治疗效果更好，能避免病情进一步发展。性伴侣同时检查治疗： 扁平湿疣是由梅毒螺旋体感染引起，具有传染性，患者的性伴侣也需要同时进行梅毒相关检查。如果性伴侣感染了梅毒，也需要一起接受治疗，否则容易再次相互传染，导致病情反复。定期复查： 在治疗后需要定期复查梅毒血清学指标，如RPR（快速血浆反应素环状卡片试验）或TPPA（梅毒螺旋体颗粒凝集试验）等。一般治疗后的第1个月、3个月、6个月、9个月、12个月都需要复查，通过复查来评估治疗效果，看梅毒螺旋体是否被完全清除。如果复查发现指标没有下降甚至升高，可能需要调整治疗方案。
生活方面的护理
注意个人卫生： 保持病变部位的清洁干燥，每天可以用温水清洗患处，但要避免使用刺激性强的清洁剂。穿着宽松、棉质的衣物，减少对病变部位的摩擦，有利于病情的恢复。避免性行为： 在治疗期间应避免性行为，防止将梅毒螺旋体传染给他人。即使经过治疗，在复查指标没有完全转阴之前，也需要注意采取安全的防护措施，直到医生确认可以恢复性行为。