3岁宝宝发烧39度的处理需根据宝宝精神状态和高温持续时间来决定。具体如下：
一、如果宝宝发烧39度但精神状态良好，无不良反应且不影响日常生活，可暂不做特殊处理，持续观察并多让宝宝饮水。
二、若宝宝发烧39度且精神状态较差，伴有咳嗽、腹痛等症状，则需及时进行退热处理，可采取如下方式：
1.药物治疗：可遵医嘱口服布洛芬片、对乙酰氨基酚片等退烧药，其退烧效果较好，能避免发生高热惊厥。同时应尽快前往医院进行相关检查，以明确发热病因，进而针对病因开展下一步治疗。
(1)布洛芬片：是一种常用的退烧药，能有效降低体温。
(2)对乙酰氨基酚片：也具有良好的退热作用。
2.物理降温：服用退烧药后，可通过温水擦拭身体、调整环境温度等物理降温方法帮助降低体温，能有效缓解宝宝发热过度的情况。
(1)温水擦拭身体：用温水浸湿毛巾，擦拭宝宝的颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富的部位。
(2)调整环境温度：保持室内适宜的温度，有助于宝宝散热。
同时，宝宝发烧39度可能会出汗导致衣服潮湿，此时要给宝宝换上干燥的衣服，利于散热。
总之，对于3岁宝宝发烧39度的情况，要密切观察宝宝状态，根据具体情况选择合适的处理方法，以保障宝宝健康。