中医并非认为不可以服用益生菌，只是中医理论基础、中医对胃肠道紊乱发病机制的认识并未涉及到益生菌的功效。
一、中医基础理论强调辨证论治，即对收集到的症状和体征进行分析、综合并判断为某种性质的“证”。在中医理论中，不存在细菌的概念，所以不会直接针对“菌体”进行干预处理，也就不涉及使用益生菌类物质。而“适当补充益生菌能促进食物消化吸收”是西医的观点，不过中医也认同这一观点，且在临床实践中，服用益生菌确实对促进食物消化吸收有帮助。
二、中医认为胃肠功能紊乱的发病机制主要是七情郁结、思虑过度、饮食失调导致肝气犯胃、肝气乘脾，当脾胃虚弱、运化失职、升降失调时，就会出现腹胀、腹泻、消化不良等症状。此时中医通常会根据患者个体情况采用合适的方法进行治疗，比如疏肝理气、健脾和胃、降逆止呕等。西医则一般会选择促进胃肠动力的药物配合益生菌类药物来进行治疗。并且吃益生菌不会打破身体平衡，也不会给人体带来损伤，适当服用益生菌反而能改善肠道疾病引起的腹胀、腹泻和消化不良症状。
尽管中医和西医在对待胃肠疾病方面因基础理论不同而有各自的治疗方法，但在实际治疗肠道紊乱过程中，中西结合也是一种不错的治疗方式。
总结：中医对益生菌的认识和应用有其特点，与西医有所不同，但在肠道紊乱治疗中可结合使用。