褪黑素是一种由人体脑内松果体分泌的胺类激素，正常情况下人体自身会分泌。但作为保健品或药物使用时，可能存在一些副作用。比如，部分人服用后可能出现头痛、头晕的情况，有研究显示约3% - 5%的人服用后会出现这类轻微不适。
神经系统方面的副作用
嗜睡与困倦： 有些人服用褪黑素后会出现明显的嗜睡感，尤其是在白天服药或者对药物比较敏感的人群中。比如部分人服用后下午就会感觉困倦想睡觉，影响正常的工作和学习。头晕不适： 少数人服用褪黑素后会有头晕的感觉，可能会影响身体的平衡感，在行走或者操作机械时存在一定风险。
消化系统方面的副作用
胃肠道不适： 可能会出现恶心、呕吐的情况，尤其是空腹服用褪黑素时，对胃肠道的刺激相对更明显。还有些人会有腹痛、腹胀的表现，影响消化功能。
其他可能的副作用
影响内分泌： 长期大剂量服用褪黑素可能会干扰人体自身的内分泌调节。因为人体自身分泌褪黑素是有正常节律的，长期外源补充可能打乱体内激素的平衡，虽然这种情况相对少见，但也需要引起重视。比如可能会影响甲状腺激素等其他激素的分泌调节。与其他药物相互作用： 褪黑素可能会与一些药物发生相互作用。例如，它与抗凝血药物合用时，可能会增加出血的风险；与降压药合用时，可能会影响血压的稳定控制等。所以正在服用其他药物的人群在使用褪黑素前需要咨询医生。