治疗灰指甲常用的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，口服抗真菌药物起效相对较快，但要注意其可能存在的副作用。外用药物相对较安全，但可能需要较长时间使用。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。每周使用1-2次，连续使用几个月可能有效果，但要注意使用时需先清洁病甲。环吡酮胺乳膏：能抑制真菌细胞膜的合成，从而达到抗真菌的效果。可以直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1-2次，坚持使用一段时间。
口服抗真菌药
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑类抗真菌药，它可以干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成。服用时一般采用冲击疗法，比如连续服用一周，停药三周为一个疗程，通常需要几个疗程。不过，肝功能异常者等人群要慎用。特比萘芬：是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的角鲨烯环氧化反应，从而发挥抗真菌作用。一般每天服用一次，连续服用几个月，同样，有肝脏疾病等情况的人要谨慎使用。
辅助治疗相关
病甲处理：在使用药物治疗前，最好先对病甲进行适当处理，比如可以用锉刀尽量锉薄病甲，这样有利于药物更好地渗透到病甲内部，提高治疗效果，但要注意操作时避免损伤周围正常皮肤。个人卫生：治疗灰指甲期间，要注意个人卫生，保持脚部清洁干燥，勤换袜子和鞋子，避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染，影响治疗效果或导致灰指甲复发。