婴儿脑积水的原因较多，其中先天性因素较为常见，约占婴儿脑积水病因的2/3。比如先天性导水管狭窄，这是较为常见的先天性因素，据统计，约有1/4的婴儿脑积水是由先天性导水管狭窄引起的。
先天性因素导致
神经管发育异常： 在胚胎发育早期，神经管发育出现问题，可能影响脑脊液的正常循环通路，从而引发脑积水。例如胚胎时期神经管闭合不全等情况，就可能导致脑脊液循环受阻，进而出现脑积水。染色体异常： 某些染色体数目或结构的异常也与婴儿脑积水相关。比如21 - 三体综合征等染色体疾病，常伴有脑积水的表现，这是因为染色体异常会干扰胎儿脑部的正常发育，影响脑脊液的正常代谢和循环。
获得性因素导致
颅内感染： 婴儿在出生后如果发生颅内感染，如脑膜炎等，炎症可能会导致脑脊液的吸收障碍或循环通路阻塞。例如细菌性脑膜炎，炎症渗出物可能会粘连阻塞脑脊液的通道，使得脑脊液积聚，引发脑积水。据临床统计，约15% - 20%的婴儿脑积水是由颅内感染引起的。颅内出血： 新生儿时期如果发生颅内出血，如脑室周围 - 脑室内出血等，血液可能会堵塞脑脊液的循环通道。血液在脑内积聚，会影响脑脊液的正常流动和吸收，从而导致脑积水。有研究表明，约20% - 30%的早产儿脑室周围 - 脑室内出血会发展为脑积水。
其他因素导致
肿瘤因素： 婴儿颅内如果存在肿瘤，也可能引起脑积水。肿瘤会占据颅内空间，压迫脑脊液的循环通路，导致脑脊液循环不畅。例如颅咽管瘤等肿瘤，可能会阻塞脑脊液的循环，进而引发脑积水。不过这种由肿瘤导致的婴儿脑积水相对较少见，但也是一个重要的病因。环境因素： 母亲在孕期的一些不良环境因素也可能与婴儿脑积水有关。比如母亲孕期接触某些放射性物质、化学毒物等，可能会影响胎儿脑部的发育，增加婴儿脑积水的发生风险。虽然具体的机制尚不十分明确，但相关研究已经发现了这些环境因素与婴儿脑积水之间存在一定的关联。