根据提供的信息，三个月大的宝宝头睡偏且两个耳朵不一样大，可能是由于以下原因：
1.长期保持同一睡姿：宝宝在出生后的前几个月，头部骨骼较为柔软，容易受到外界压力的影响。如果宝宝长期保持同一睡姿，可能会导致头部一侧受压，从而使头部形状和耳朵大小发生变化。
2.斜颈：斜颈是一种颈部肌肉发育不对称的疾病，可能导致宝宝头部倾斜，同时也会影响耳朵的大小和形状。
3.其他因素：宝宝在子宫内的位置、出生时的产伤等也可能影响头部和耳朵的发育。
针对这种情况，可以采取以下措施：
1.调整睡姿：尽量让宝宝仰卧或侧卧，避免长期保持同一睡姿。可以定期更换宝宝的睡眠位置，以保证头部均匀受压。
2.按摩：对于可能存在斜颈的宝宝，可以进行轻柔的按摩，帮助放松颈部肌肉，促进发育平衡。
3.佩戴矫正头盔：如果宝宝的头部形状和耳朵大小差异较大，医生可能会建议佩戴矫正头盔。这种头盔可以通过施加适当的压力来调整头部形状。
4.就医检查：如果宝宝的头部形状和耳朵大小异常较为明显，或者伴有其他症状，如颈部肿块、运动发育迟缓等，应及时就医，进行详细的检查和评估，以确定是否存在其他潜在问题。
需要注意的是，宝宝的头部和耳朵发育是一个逐渐的过程，家长应密切观察宝宝的情况，并在医生的指导下进行相应的干预和治疗。同时，保持宝宝的舒适和安全也是非常重要的，避免使用过于柔软的枕头或床垫，以免影响宝宝的呼吸和睡眠。