子宫内膜异位症的常见病因目前尚未完全明确，但有几种主要因素比较被认可。其中，经血逆流是一个重要因素，据研究，约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，在逆流的经血中，子宫内膜细胞可能会种植到身体的其他部位，比如盆腔等，从而引发子宫内膜异位症。
遗传因素
家族遗传倾向： 如果家族中有女性患有子宫内膜异位症，那么亲属患病的风险会相对增加。有研究发现，子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性，可能与某些基因的突变或遗传标记有关。比如，如果母亲或姐妹患有该病，那么女儿或其他女性亲属患病的概率比正常人群高出一定比例。特定基因关联： 一些与细胞黏附、免疫调节等相关的基因发生突变时，可能会影响身体对子宫内膜细胞的正常处理，增加子宫内膜异位症的发病风险。
免疫调节异常
免疫系统识别缺陷： 正常情况下，免疫系统能够识别并清除异位的子宫内膜细胞，但如果免疫系统出现异常，就可能无法有效识别这些异位细胞，导致它们在身体其他部位存活并生长。例如，体内的自然杀伤细胞活性降低时，就难以对异位的子宫内膜细胞进行有效的杀伤和清除。炎症反应异常： 异位的子宫内膜细胞会引发局部的炎症反应，而如果炎症反应调节失衡，会进一步促进子宫内膜异位症的发展。比如，一些炎症因子的异常分泌会导致盆腔内环境改变，有利于异位内膜的种植和生长。
其他因素
医源性内膜种植： 像剖宫产手术时，有可能将子宫内膜细胞带到手术切口部位，从而引发腹壁子宫内膜异位症；另外，宫腔操作比如多次人工流产等，也可能导致子宫内膜细胞通过输卵管逆流到盆腔以外的部位种植，增加发病风险。一般来说，有过剖宫产史的女性患子宫内膜异位症的概率比没有剖宫产史的女性要高一些。内分泌因素： 长期的雌激素水平过高可能会刺激子宫内膜细胞的生长和增殖。因为雌激素是子宫内膜生长的重要调节因素，当体内雌激素水平异常升高时，异位的子宫内膜细胞也会受到刺激而不断生长，进而加重子宫内膜异位症的病情。例如，一些患有多囊卵巢综合征的女性，由于内分泌紊乱导致雌激素水平异常，更容易发生子宫内膜异位症。