卵巢囊肿手术对怀孕的影响不能一概而论，一般来说，约70% - 80%的患者术后1年内可自然受孕，但具体情况与多种因素相关。
囊肿性质与手术方式的影响
良性囊肿手术：如果是单纯的良性卵巢囊肿，采用囊肿剔除术，尽可能保留正常卵巢组织，对怀孕的影响相对较小。比如直径小于5厘米的非赘生性囊肿，术后怀孕几率较大。但如果囊肿较大，行患侧卵巢切除术，那就会减少一侧卵巢功能，怀孕概率会有所降低，不过另一侧卵巢正常的话，仍有受孕可能。恶性囊肿手术：若是恶性卵巢囊肿，手术范围通常较大，可能需要切除双侧附件、子宫等，这会极大影响怀孕，术后怀孕几率大幅下降，且即便怀孕，孕期风险也较高。
术后恢复情况的影响
短期恢复：术后身体需要一段时间恢复，一般建议休息1 - 3个月。如果恢复良好，月经周期恢复正常，卵巢功能逐步恢复，对怀孕影响较小。但如果术后发生感染，引起盆腔炎等，导致输卵管粘连、堵塞，就会严重影响受孕，据统计，术后发生感染导致输卵管问题的概率约为5% - 10%。长期恢复：术后需要关注卵巢功能恢复情况。有些患者术后可能出现卵巢早衰迹象，表现为月经稀发、闭经等，这会明显降低怀孕几率。有研究显示，因卵巢囊肿手术导致卵巢早衰的发生率约为1% - 3%。
个体差异的影响
年龄因素：年轻患者身体恢复能力较强，术后怀孕几率相对较高。比如20 - 30岁的患者，术后1年内怀孕率可能在60%以上；而35岁以上的患者，怀孕几率会随着年龄增加而降低，35岁以上患者术后1年怀孕率可能降到40%左右。基础生育状况：本身生育功能正常的患者，卵巢囊肿术后怀孕几率相对更高。而本身存在输卵管堵塞、排卵障碍等基础生育问题的患者，即便做了卵巢囊肿手术，怀孕几率也会受到一定影响。