卵巢囊肿是否影响受孕不能一概而论，一般直径小于5厘米的单纯性囊肿，约有1/3的概率不影响受孕；但如果囊肿较大或为病理性囊肿，就可能影响受孕。
囊肿大小与性质影响
小囊肿（直径＜5厘米）： 多数为生理性囊肿，比如黄体囊肿等，在月经周期变化中可能自然消失，这种情况下对受孕影响相对较小，大约有2/3的概率不明显干扰受孕过程。大囊肿（直径≥5厘米）： 可能会占据卵巢空间，影响卵子的正常排出，还可能压迫输卵管，影响卵子和精子的结合以及受精卵的运输，从而降低受孕几率，甚至可能导致宫外孕等情况发生。另外，一些病理性的囊肿，如巧克力囊肿，它会破坏卵巢组织和盆腔内环境，对受孕的影响更为明显，有研究表明患有巧克力囊肿的女性受孕概率比正常女性低约30% - 50%。
囊肿类型影响
功能性囊肿： 包括卵泡囊肿和黄体囊肿等，一般随着月经周期可自行消退，对受孕的影响通常较短暂，多数在几个月经周期内就会恢复正常，对受孕的阻碍相对较小，但也需要密切观察其变化。赘生性囊肿： 如浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，这类囊肿一般不会自行消退，会持续存在并可能逐渐增大，会持续影响卵巢功能和盆腔结构，进而影响受孕，需要及时就医评估是否需要手术干预后再考虑受孕。子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）： 是子宫内膜异位症的一种表现，不仅会破坏卵巢组织，还会导致盆腔粘连，严重影响输卵管的拾卵功能和蠕动功能，大大降低受孕几率，而且即使受孕后，发生流产等情况的风险也相对较高。
对不同阶段受孕的影响
备孕阶段： 如果在备孕期间发现卵巢囊肿，需要先明确囊肿性质和大小。对于直径较小的生理性囊肿，可以先监测其变化，在医生指导下尝试受孕；但对于较大或病理性囊肿，建议先治疗囊肿后再备孕，以免影响受孕过程和胚胎着床等。怀孕早期： 怀孕早期发现卵巢囊肿比较常见，如果是生理性囊肿，一般动态观察即可；但如果是病理性囊肿且在孕期有增大趋势，可能会引起腹痛等不适，甚至有发生囊肿扭转等并发症的风险，影响孕期健康，需要密切监测囊肿情况。如果囊肿在孕期发生扭转等紧急情况，可能需要手术处理，这对孕期和胎儿都会有一定影响。怀孕中晚期： 怀孕中晚期发现卵巢囊肿，如果囊肿较大，可能会影响胎儿的胎位等，在分娩时还可能阻碍胎儿娩出，需要根据具体情况决定是剖宫产同时处理囊肿还是继续观察等。