急性尿道炎的治疗药物选择需根据病原体来定。一般来说，细菌感染引起的急性尿道炎常用抗生素治疗，比如对于大肠埃希菌等常见细菌，可选用喹诺酮类药物如左氧氟沙星等，但18岁以下人群通常不建议使用喹诺酮类药物，因为可能影响骨骼发育；如果是淋球菌感染导致的急性尿道炎，常用头孢曲松等药物进行治疗，一般单次用药即可。
细菌感染相关药物
大肠杆菌感染常用药：如果是大肠杆菌引起的急性尿道炎，氟喹诺酮类药物中的环丙沙星有一定疗效，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制。但要注意，18岁以下患者由于骨骼发育可能受影响，需避免使用。变形杆菌感染常用药：对于变形杆菌导致的急性尿道炎，氨苄西林可发挥作用，它能抑制细菌细胞壁合成，从而起到杀菌效果，但对青霉素过敏者禁用。
淋球菌感染相关药物
头孢类药物应用：当急性尿道炎是淋球菌感染引起时，头孢曲松是常用药物，它通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌，一般单次肌肉注射即可见效，但对头孢菌素过敏者不能使用。大观霉素的情况：大观霉素也可用于淋球菌感染导致的急性尿道炎，它能与细菌核糖体30S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成，不过肾功能不全者需谨慎使用。
衣原体、支原体感染相关药物
大环内酯类药物：要是急性尿道炎是衣原体或支原体感染引起，阿奇霉素可选用，它能阻碍细菌转肽过程，抑制细菌蛋白质合成。但孕妇及哺乳期妇女使用时需咨询医生，儿童用药也需在医生指导下进行。四环素类药物：多西环素也可用于衣原体、支原体感染引发的急性尿道炎，它能抑制细菌蛋白质合成，但8岁以下儿童禁用，因为可能影响牙齿和骨骼发育。