鼻窦炎的药物治疗需根据病情来定，一般急性鼻窦炎可以用抗生素等药物，比如青霉素类抗生素，约70%的急性鼻窦炎患者通过规范用药可得到改善。
抗生素类药物
细菌感染引发的鼻窦炎：如果是细菌感染导致的鼻窦炎，常用青霉素类抗生素，像阿莫西林等，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。不过对青霉素过敏者不能使用。而对于一些耐青霉素酶的葡萄球菌感染，可能会用到头孢类抗生素，如头孢克洛，它通过干扰细菌细胞壁的合成来达到杀菌效果。
鼻用糖皮质激素
减轻鼻腔炎症：鼻用糖皮质激素能减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。比如糠酸莫米松鼻喷雾剂，它可以局部作用于鼻腔黏膜，抑制炎症介质的释放。一般建议成人使用，儿童使用需在医生指导下谨慎选择，因为要考虑儿童的年龄和病情严重程度等因素。
黏液促排剂
促进黏液排出：黏液促排剂可以促进鼻窦内黏液排出，改善鼻窦的通气引流。例如桉柠蒎肠溶软胶囊，它能调节黏液分泌，并改善黏液纤毛清除功能，帮助鼻窦内的分泌物排出，从而缓解鼻窦炎症状。但服用时要注意用温水送服，避免破坏药物结构影响疗效。
抗组胺药
伴有过敏因素的鼻窦炎：如果鼻窦炎伴有过敏因素，如过敏性鼻炎引发的鼻窦炎，抗组胺药可能会用到。像氯雷他定片，它能竞争性阻断组胺H₁受体，减轻过敏引起的鼻塞、流涕等症状。不过服用后可能会有嗜睡等不良反应，司机等需要保持清醒的人群要注意用药时间。