灰指甲治疗可通过外用药物、口服药物以及手术等方式，其中口服抗真菌药是比较有效的方法，像伊曲康唑、特比萘芬等药物常用于治疗灰指甲。一般来说，规范治疗需要一定时间，可能需要几个月。
外用药物治疗
局部涂抹制剂： 常见的有阿莫罗芬搽剂，它能渗透进甲板发挥抗真菌作用。使用时要先把病甲尽量修薄，然后再涂抹，通常一周使用1 - 2次，坚持使用几个月才有效果。复方制剂： 比如含有冰醋酸的制剂，冰醋酸有一定腐蚀性，能抑制真菌生长，但使用时要注意避免接触周围正常皮肤，而且浓度和使用频率要遵医嘱，不然可能刺激皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑： 采用冲击疗法，吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它对皮肤癣菌等真菌有较好的抑制作用，但服用期间要监测肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 每天口服一次，一般疗程相对伊曲康唑短些，同样需要监测肝功能，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效。
手术治疗
拔甲术： 过去常用，但现在应用相对少了。就是把病甲拔掉，不过术后恢复需要一定时间，而且拔甲后还需要配合外用或口服抗真菌药物，不然容易复发，并且拔甲时会有一定疼痛，术后也可能出现感染等问题。甲床修复术： 对于病情较复杂的患者，可能会进行甲床修复相关操作，但这种情况比较少用，手术操作相对精细，对医生技术要求较高。
日常注意事项
保持足部清洁干燥： 灰指甲多与足部潮湿环境有关，所以要经常换袜子，穿透气性好的鞋子，洗完脚后要把脚擦干，尤其是脚趾间要保持干燥，这样能减少真菌滋生的环境。避免交叉感染： 不要共用拖鞋、脚盆等物品，家人有灰指甲的话也要及时治疗，防止互相传染，比如在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，避免接触可能被污染的物品。