治灰指甲的方法有多种，目前常用的外用药物如阿莫罗芬搽剂，一般需要连续使用数月，通常每周使用1-2次，坚持使用数月才有较好效果。而口服药物方面，像伊曲康唑胶囊，采用冲击疗法，需连续服用数周，停药后让指甲恢复一段时间再重复疗程，一般需要几个月才能看到明显改善。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次。不过，它起效相对较慢，一般需要连续使用3 - 6个月才能看到明显的新甲长出。环吡酮胺乳膏：通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程来达到杀菌效果。可以直接涂抹在病甲上，每天使用1 - 2次，但同样需要长期坚持使用，可能需要连续使用数月才能有效改善灰指甲状况。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊：属于三唑类抗真菌药物，它能够抑制真菌细胞色素P450酶，干扰真菌麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌活性。采用冲击疗法，即连续服用伊曲康唑1周，然后停药3周为一个疗程，一般需要进行2 - 3个疗程。不过，在使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬片：是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。一般每天服用一次，连续服用的时间根据病甲的情况而定，通常需要连续服用数周甚至数月，同样在用药前要检查肝功能，避免对肝脏造成损害。
手术治疗情况
拔甲术：过去会采用拔甲的方法来治疗灰指甲，但现在这种方法应用相对较少。因为拔甲会比较疼痛，而且甲床容易受到损伤，术后恢复时间较长，大约需要2 - 3个月才能长出新甲，并且拔甲后复发的几率也比较高，现在更多是作为其他治疗方法的辅助手段。激光治疗：利用特定波长的激光来破坏真菌细胞。一般需要多次治疗，每次治疗间隔一定时间，比如每隔2 - 3周进行一次治疗，通常需要进行3 - 5次治疗才能看到较好的效果。激光治疗相对无创，痛苦较小，但费用相对较高。