怀孕初期小腹两侧隐隐作痛可能是生理现象，也可能是先兆流产、宫外孕等情况所致，需采取不同处理方式，如药物治疗、手术治疗等来保胎或终止妊娠。
一、生理现象：孕妇在孕期荷尔蒙分泌增多，会使盆腔出现轻度充血从而引发小腹隐隐作痛。而且部分孕妇较为敏感，当受精卵着床时，子宫增大且韧带受到牵扯，也会产生轻微疼痛，这属于常见生理现象。
二、先兆流产：孕妇若小腹两侧疼痛并伴有阴道流血，通常是由子宫收缩引起。此时孕妇要及时到医院抽血化验HCG，并结合B超来明确诊断。若确诊为先兆流产，孕妇需卧床休息，可在医生指导下口服地屈孕酮片、保胎灵胶囊等药物进行治疗。
三、宫外孕：如果受精卵未在子宫内着床而发生宫外孕，随着受精卵增大，会导致着床部位破裂，进而出现腹痛、阴道出血等情况。所以在怀孕初期，一旦有小腹疼痛，需警惕宫外孕。若发现宫外孕，应立即进行手术，以防出现严重出血。
总之，怀孕初期小腹两侧出现隐隐作痛的情况，要及时明确原因，根据具体情况进行相应处理。