肛门疱疹的治疗方法包括消炎清洗、外用药物、口服药物等。具体如下：
一、消炎清洗：肛门疱疹往往是因长期存在炎症感染而引发，很多患者会有局部瘙痒、疼痛、发热等表现。在治疗前需先用温水或生理盐水对局部进行清洗，以此减轻肛门疱疹带来的不适。平时一定要注重局部卫生，勤换内衣以预防细菌感染。
二、外用药物：若因长期遭受病毒感染而导致肛门疱疹疾病，其临床症状主要有局部疼痛、丘疹、水疱等。可外用阿昔洛韦软膏、复方磺胺氧化锌软膏、尿素软膏等药物涂抹患处，比如阿昔洛韦软膏，可抑制病毒DNA的合成；复方磺胺氧化锌软膏，能起到抗菌消炎等作用；尿素软膏，对皮肤角化有改善效果等。
三、口服药物：肛门疱疹是由单纯疱疹病毒Ⅱ型引起的，也和免疫力低下有关，通常潜伏期约在3至6个月左右，主要症状多为小水疱，严重时可形成溃疡。治疗时可选择的药物有更昔洛韦分散片、腺苷钴胺片、血府逐瘀胶囊等。其中更昔洛韦分散片能抑制病毒复制；腺苷钴胺片可营养神经；血府逐瘀胶囊有活血化瘀等功效。
总之，对于肛门疱疹需要根据具体情况选择合适的治疗方法，同时要注意保持良好的生活习惯和个人卫生，以促进康复。