月经断断续续不干净，可能是由以下原因引起：
一、内分泌因素：月经主要是由子宫内膜脱落形成，而子宫内膜通常受体内雌激素与孕激素影响。如果女性内分泌紊乱，就容易引发月经失调，进而导致月经出现断断续续的现象。具体来说，当内分泌失衡时，激素水平不稳定，可能无法正常调节子宫内膜的生长和脱落过程，使得月经周期和经量出现异常。
二、子宫内膜炎：子宫内膜炎会对子宫收缩产生影响，造成经血淋漓不尽、月经期延长。同时，可能伴随痛经，部分女性还可能有月经发臭的症状，所以会出现月经不干净的状况。这是因为子宫内膜炎会导致子宫内膜的炎症反应，影响子宫的正常收缩功能，使经血不能顺畅排出。
三、子宫肌瘤：子宫肌瘤能够增大宫腔面积，相应地子宫内膜面积也会增大，从而影响子宫收缩，引起月经期延长、月经失调等症状，致使患者的月经呈现断断续续的表现。主要是因为肌瘤改变了子宫的内部结构和功能，干扰了月经的正常排出过程。
除上述相对常见原因外，还有其他可能的疾病，如子宫腺肌病等。因此，建议患者及时就诊，积极治疗，以免延误病情，造成不良后果。