纤维肌痛综合症的具体原因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被认为与之有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示约30% - 50%的纤维肌痛综合症患者有家族遗传倾向。
神经递质方面的因素
血清素异常： 血清素是一种神经递质，在调节疼痛感知和情绪等方面发挥作用。纤维肌痛综合症患者体内血清素水平可能存在异常，导致对疼痛的敏感性增加。例如，血清素转运体基因的突变可能影响血清素的代谢和功能，进而引发纤维肌痛综合症相关症状。P物质异常： P物质是一种神经肽，参与疼痛信号的传递。纤维肌痛综合症患者体内P物质水平可能升高，使得疼痛信号的传导异常，更容易出现广泛的疼痛感觉。
免疫系统因素
炎症反应轻微但持续： 虽然纤维肌痛综合症患者没有明显的感染或炎症性疾病，但体内存在轻微的持续炎症反应。例如，一些细胞因子如白细胞介素 - 6、肿瘤坏死因子 - α等水平可能有轻度升高，这种持续的轻微炎症状态可能影响神经末梢，导致疼痛感知的改变，从而引发纤维肌痛综合症相关的疼痛、疲劳等症状。
生活方式与心理因素
睡眠障碍： 很多纤维肌痛综合症患者存在睡眠障碍，如睡眠质量下降、睡眠时间缩短等。长期的睡眠不足会影响身体的修复和调节机制，进而影响神经和免疫系统的功能，增加患纤维肌痛综合症的风险。一般来说，正常成年人需要7 - 9小时的高质量睡眠，而纤维肌痛综合症患者往往难以达到这样的睡眠要求。心理压力过大： 长期处于高压力状态下的人更容易患上纤维肌痛综合症。心理压力会通过神经内分泌系统影响身体的各个方面，导致神经递质失衡、免疫系统功能紊乱等，从而引发纤维肌痛综合症的相关症状。例如，长期面临工作压力、家庭压力等的人群，患纤维肌痛综合症的概率相对较高。