眼皮上的扁平疣可通过以下几种方法来治疗：
一、涂抹药物：可局部外用干扰素软膏、咪喹莫特乳膏、酞丁安搽剂等抗病毒药物进行涂抹治疗。这些药物能发挥抗病毒作用，有助于抑制扁平疣的发展。比如干扰素软膏，它可以通过调节免疫等方式来对抗病毒；咪喹莫特乳膏能刺激机体产生免疫反应来清除病毒；酞丁安搽剂则对多种病毒有抑制作用。
二、冷冻治疗：若药物治疗效果不理想，或是疣体较大、瘙痒感显著时，患者可前往医院接受液氮冷冻治疗。液氮冷冻主要是利用低温使疣体组织坏死脱落，从而达到去除疣体的目的。
三、激光治疗：当扁平疣的疣体较大且瘙痒感明显，导致眼部皮疹增多时，必要情况下可采取激光烧灼治疗，直接将扁平疣的疣体烧毁。之后需使用抗菌消炎药物处理患处，以防止出现继发性感染。比如可以使用一些有抗菌作用的药膏等。
总之，眼睛部位长扁平疣的患者应及时前往医院就诊，明确病情后，依据病情的严重程度来选择适宜的治疗方法。在治疗期间需注意避免患处碰水，也不要过度抓挠，以免引发感染。