生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿，通常可依据临床表现、查体以及辅助检查来加以区分：
一、临床表现：
1.生理性囊肿的患者多数并无显著症状，体检可能时而未显示有卵巢囊肿，时而显示有囊肿且时有时无；而病理性囊肿会持续存在，随着囊肿逐渐增大，可能会出现尿频、尿急或便秘等状况，倘若为恶性卵巢囊肿，患者大多会有腹胀、腹部肿块等症状。
二、辅助检查：
1.妇科B超检查：生理性囊肿通过妇科B超检查一般小于5厘米，通常两三个月后会逐渐消失；病理性囊肿则不然。
2.病理学检查：这是鉴别囊肿性质的金标准，通过对病理切片进行分析可明确断定卵巢囊肿的性质。
患有卵巢囊肿的女性，一定要及时前往医院就诊。除了病史和化验检查外，医生的内诊也极为重要，需由专业医生依据具体情况进行综合判断，并根据诊断结果开展针对性治疗，以免延误病情。
总之，对于卵巢囊肿要准确区分生理性和病理性，及时进行相应检查和治疗。