怀孕36天出血并伴有肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕36天时，孕囊可能还不稳定，过度劳累、剧烈运动、性生活等可能导致先兆流产，出现阴道出血和肚子隐痛。需要及时就医，医生一般会建议卧床休息，并使用黄体酮等药物进行保胎治疗。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，称为宫外孕。宫外孕可能导致阴道出血和肚子痛，严重时可能引起大出血，甚至危及生命。需要通过超声检查等明确诊断，一旦确诊宫外孕，应尽早治疗，通常采用手术或药物治疗。
3.自然流产：如果出血量较少，肚子隐痛逐渐减轻，可能是自然流产。但也需要就医检查，以确定是否流干净，如果有残留，可能需要清宫。
4.其他原因：宫颈息肉、阴道炎、子宫肌瘤等也可能导致怀孕后出血和肚子痛。
此外，葡萄胎、胚胎发育异常等情况也可能出现类似症状。因此，如果怀孕36天出血并伴有肚子痛，应及时就医，进行相关检查，明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅。在医生的指导下进行治疗和随访，确保胎儿的健康。如果对本次妊娠有特殊情况或担忧，也可与医生充分沟通，了解更多注意事项。