龟头珍珠疹目前病因还不是完全明确，一般认为可能与生理发育变异有关，有研究显示大概10% - 20%的男性会出现龟头珍珠疹情况。
生理发育因素相关
局部刺激影响： 包皮过长、个人卫生状况较差等局部刺激因素可能会对龟头部位产生影响，长期的慢性刺激可能参与了龟头珍珠疹的形成过程。比如一些男性由于包皮过长，包皮内板分泌的物质等长时间积聚，对龟头局部持续刺激，就可能增加出现珍珠疹的几率。解剖结构特点： 龟头冠状沟部位的解剖结构特点也可能是诱因之一。该部位存在的皮脂腺等结构的分布等情况，使得局部环境容易出现一些微小的变化，进而可能促使珍珠疹的形成。
心理因素相关
焦虑情绪影响： 部分男性可能会因为对自身生殖器外观的过度关注等产生焦虑情绪，而长期的焦虑状态可能会在一定程度上影响身体的生理状态，虽然目前具体机制尚不十分清晰，但有研究发现心理因素可能会对皮肤局部的状态产生作用，从而与龟头珍珠疹的发生有一定关联。比如一些男性发现龟头出现小丘疹样改变后，过度担忧、焦虑，这种情绪状态可能会在一定程度上干扰身体的内分泌等调节，间接影响局部组织的状况。心理认知偏差： 由于对正常生殖器外观认识不足，存在错误的心理认知，觉得龟头出现的一些正常生理结构样的小丘疹是异常病变，这种不正确的心理认知可能会导致过度关注，进而在心理层面影响对自身身体状况的判断，而从生理角度看，长期的这种心理状态可能会对局部皮肤的微循环等产生一定影响，虽然不是直接致病原因，但也可能与珍珠疹的出现有一定联系。
其他可能相关因素
个体差异： 不同个体之间存在生理上的个体差异，有些人可能更容易出现龟头珍珠疹。比如遗传因素可能会在一定程度上影响个体对局部刺激的反应等，从而使得部分人相对更易发生珍珠疹。例如家族中有类似情况的人，其后代出现龟头珍珠疹的概率可能会相对高一些，但这也不是绝对的遗传决定，只是存在一定的个体易感性差异。环境因素： 生活环境中的一些因素也可能有一定关联。比如长期处于潮湿的环境中，可能会影响龟头局部的皮肤状态，增加局部感染等风险，而感染等情况可能会间接促使珍珠疹的出现。不过这种环境因素的影响相对比较间接，需要结合其他因素综合来看。