甲状旁腺功能减退会对人体多个系统产生危害。甲状旁腺功能减退若未得到有效控制，约有30% - 60%的患者会出现神经系统方面的异常，比如患者可能会有手足抽搐的表现，严重时甚至会影响呼吸肌，导致呼吸困难。
对神经系统的影响
癫痫发作： 部分甲状旁腺功能减退患者会出现癫痫样发作，这是因为血钙降低使得神经肌肉兴奋性增高，从而引发异常放电。认知功能障碍： 长期血钙水平异常的患者可能会出现认知功能下降，表现为记忆力减退、注意力不集中等，影响日常生活和工作能力。
对心血管系统的危害
心律失常： 低血钙可导致心肌细胞的电生理特性改变，引发心律失常，如心动过速、早搏等，严重时可能会影响心脏的正常泵血功能。血压异常： 甲状旁腺功能减退可能会影响血管的收缩和舒张功能，导致血压不稳定，部分患者可能出现血压降低的情况。
对眼部的影响
白内障： 长期甲状旁腺功能减退，钙代谢紊乱会影响眼部晶状体的代谢，增加白内障的发生风险。据统计，约有10% - 20%的甲状旁腺功能减退患者会并发白内障。眼底病变： 血钙异常还可能引起眼底血管的改变，影响视网膜的血液供应，出现眼底出血、水肿等病变，进而影响视力。
对骨骼的影响
骨密度降低： 甲状旁腺功能减退会导致骨转换率降低，骨吸收减少，骨形成也受影响，长期下去会使骨密度降低，增加骨质疏松和骨折的风险。据研究，多数甲状旁腺功能减退患者在发病数年至数十年后会出现不同程度的骨密度下降。骨痛： 部分患者会出现骨痛症状，尤其是在承重部位，如脊柱、骨盆等，影响患者的活动和生活质量。