生殖器流褐色分泌物的原因主要有以下几种：一是宫颈炎，二是先兆流产（针对妊娠女性），三是细菌性前列腺炎（针对男性）。
一、宫颈炎：当患有宫颈炎时，炎症长时间对子宫颈组织产生刺激，会致使毛细血管破裂，进而出现出血现象，表现为生殖器流褐色分泌物。对此，应及时前往医院妇科就诊。一般情况下，需要在医生指导下口服甲硝唑或阿奇霉素等药物进行治疗。
二、先兆流产：对于正在妊娠的女性，如果生殖器出现流褐色分泌物的情况，就需要警惕是否是由于先兆流产导致的。此时需要及时卧床休息，减少活动量，必要时还需到医院进行保胎治疗。
三、细菌性前列腺炎：若是男性出现这种情况，多数是因为细菌性前列腺炎引起的，主要症状表现为尿频、尿急、尿痛，同时也可能伴有褐色分泌物排出。这种情况下需要在专业医生指导下口服氨苄西林或者阿莫西林等药物进行治疗。
总之，当生殖器出现流褐色分泌物时，需要根据具体情况明确原因，并采取相应的治疗措施。