阴茎根部周围痛可能由多种原因引起，比如常见的有感染因素、外伤因素以及泌尿系统结石等。比如泌尿系统结石导致阴茎根部周围痛时，结石移动可能刺激周围组织引发疼痛。
感染因素导致的疼痛
尿道炎：
细菌等病原体感染尿道，可能蔓延影响到阴茎根部周围。比如大肠杆菌感染较为常见，患者除了阴茎根部周围痛，还可能有尿频、尿急等症状，尿道可能有分泌物。
前列腺炎：
男性前列腺发炎时，也可能牵扯到阴茎根部周围出现疼痛。慢性前列腺炎患者可能会反复出现会阴部、阴茎根部等部位的隐痛、胀痛等不适，同时可能伴有排尿异常，如尿不尽、尿等待等情况。
外伤因素导致的疼痛
外力撞击：
如果阴茎根部受到外力撞击，比如运动时不小心碰撞到，就会引起疼痛。这种情况下一般能明确有受伤史，局部可能有红肿、淤血等表现。
性生活过度：
性生活过于剧烈、频繁，也可能导致阴茎根部周围软组织受损而疼痛。比如过度用力或者姿势不当，可能引起局部肌肉、韧带等的拉伤，出现疼痛不适。
泌尿系统结石导致的疼痛
膀胱结石：
膀胱内的结石刺激膀胱及周围组织，可能放射到阴茎根部周围引起疼痛。患者可能还会有排尿中断、血尿等症状，尤其是在排尿过程中结石移动时疼痛可能更明显。
尿道结石：
尿道内有结石时，结石梗阻尿道，也会导致阴茎根部周围疼痛，同时可能出现排尿困难、点滴状排尿等情况，尿液可能带血。