胎停育的主要原因有多种，其中染色体异常是重要因素之一，大约50% - 60%的早期胎停育与胚胎染色体异常有关，包括数目异常和结构异常。
母体因素
内分泌异常： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全是常见的内分泌问题，黄体分泌的孕酮不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的环境，可能导致胎停育。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺素分泌过多或过少都会干扰胚胎的正常发育进程。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫肌瘤会影响子宫的宫腔形态和内膜血供，如果肌瘤较大或位置特殊，就可能阻碍胚胎发育；子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫的结构异常会使胚胎难以正常着床和发育；子宫内膜炎会破坏子宫内膜的环境，不利于胚胎种植。
免疫因素
自身免疫异常： 母体自身产生的一些抗体可能攻击胚胎，比如抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可引起血管内皮损伤，导致胎盘血栓形成，影响胚胎的血液供应，从而引发胎停育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强也会导致胎停育。正常情况下母体应该对胚胎产生适当的免疫耐受，但如果这种耐受机制出现问题，就会将胚胎视为“异物”进行排斥。
外界因素
环境因素： 过多接触一些有害的化学物质，像铅、甲醛等，会对胚胎的发育产生不良影响。还有辐射，长期处于高辐射环境中，如放射科工作场所附近，也可能增加胎停育的风险。不良生活方式： 吸烟酗酒是常见的不良生活习惯，孕妇吸烟会使尼古丁等有害物质进入体内，影响胎盘的血液灌注；酗酒会干扰胚胎的正常发育过程，增加胎停育的发生几率。另外，过度劳累也不利于妊娠的维持，会使母体处于应激状态，影响胚胎的生长环境。