怀孕时通常能够对巧克力囊肿进行治疗。较小的巧克力囊肿在孕期有很大可能会完全消失，较大的巧克力囊肿也会有所缩小。同时，由巧克力囊肿引发的痛经、月经量增多等症状，在孕期也会逐渐得到缓解。巧克力囊肿指的是异位的子宫内膜在卵巢内生长而形成的囊肿。因为怀孕后体内的雌激素、孕激素含量上升，会直接作用于子宫内膜和异位的内膜，促使内膜蜕膜化，这样巧克力囊肿就不会再出现周期性出血，进而会使异位的内膜萎缩，所以较小的巧克力囊肿就有机会完全消失，而较大的巧克力囊肿也会因此而出现缩小，从而相关症状得以缓解。
一、对于育龄期有生育要求的女性，可以优先考虑运用治疗、促进生育的方法，怀孕后能够达到自然治疗巧克力囊肿的效果。
1.生育的重要性：通过怀孕，可以利用体内激素变化对巧克力囊肿产生积极影响。
(1)雌激素与孕激素的作用：孕期升高的雌激素和孕激素直接作用于内膜和异位内膜，使其蜕膜化。
(2)对巧克力囊肿的影响：导致巧克力囊肿不再周期性出血，使其萎缩或缩小。
二、若存在巧克力囊肿的女性没有生育要求，可以采用药物治疗。
1.复方短效避孕药：长期连续应用，造成类似妊娠的人工闭经，即假孕疗法。
(1)作用原理：通过抑制垂体促性腺激素分泌，形成无周期性的低雌激素状态。
(2)与内源性雌激素共同作用：产生高孕激素性闭经和内膜蜕膜化。
2.人工合成高效孕激素：连续应用6个月。
(1)效果：同样能抑制垂体促性腺激素分泌，以达到治疗目的。
总之，怀孕对于巧克力囊肿的治疗有一定积极作用，而对于没有生育要求的患者也有相应的药物治疗方法可供选择。