龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等引起，治疗方法如下：
一、非感染性原因：
1.若因性生活粗暴、用力摩擦或局部清洁不足等导致龟头上有小水泡，一般疼痛不明显，且可自行缓解。
二、生殖器疱疹：
1.这通常是由单纯疱疹病毒引起的性传播疾病，会出现龟头上、阴部或肛周有小水泡，同时可能伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等症状。
2.治疗可在医生指导下使用盐酸伐昔洛韦片、阿昔洛韦片、泛昔洛韦片等药物。
三、龟头炎：
1.通常也会致使龟头上出现小水泡，甚至有糜烂、渗出和出血现象。
2.可在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星胶囊、氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊等药物进行治疗。
建议治疗期间注意：每日要勤清洗生殖器，勤换内裤，避免剧烈运动；要多休息，避免长时间熬夜，防止过度劳累。
总结概况提示：龟头上出现小水泡可能有多种原因，包括非感染性因素、生殖器疱疹、龟头炎等，应根据具体情况选择合适的治疗方法，并在治疗期间注意个人卫生和生活习惯。