上厕所时肛门疼可能由多种原因引起。比如肛裂，这是常见原因之一，通常是大便干结、排便用力等导致肛管皮肤裂开，排便时和排便后都会有肛门疼，还可能带血。痔疮也是常见因素，内痔脱出、外痔发炎等都会引起肛门疼，尤其是外痔，久坐、久站后症状可能加重。另外，肛周脓肿也会造成肛门疼，一般是肛周组织感染化脓，疼痛较剧烈，局部还会红肿发热。
肛裂导致的肛门疼
肛裂特点： 肛裂引起的肛门疼有明显的排便时疼痛过程，先是排便时粪便刺激裂口，产生刀割样或烧灼样剧痛，便后疼痛会短暂缓解，但随后因肛门括约肌痉挛，又会出现长时间的剧烈疼痛，可持续数小时。相关注意： 有肛裂问题的人要保持大便通畅，每天可以多吃些蔬菜水果，像苹果、芹菜等，避免大便干结加重肛裂。
痔疮引发的肛门疼
内痔脱出： Ⅱ度以上的内痔容易脱出肛门外，脱出后回纳不及时，会导致局部血液循环不畅，引起肛门疼。平时要注意避免长时间坐着或蹲着，每隔一段时间要适当活动。外痔发炎： 外痔发炎时，肛门局部会肿胀、疼痛，尤其在行走、坐下时感觉更明显。这时候要注意保持肛门清洁，可每天用温水坐浴，每次15 - 20分钟，缓解不适。
肛周脓肿造成的肛门疼
脓肿发展： 肛周脓肿初期可能只是肛门周围轻微的胀痛，随着脓肿逐渐增大，疼痛会越来越剧烈，呈持续性跳痛。而且局部会逐渐红肿，用手触摸能感觉到硬块，有明显的压痛。一旦发现肛周脓肿迹象，要及时就医，避免感染进一步扩散。