HPV疫苗注射后可能出现一些常见反应。一般来说，多数人接种后反应较轻微，少数人可能出现较为明显的反应。
局部反应：
注射部位疼痛： 接种后1-2天内，约有50% - 60%的人会感到注射部位有轻微疼痛，这种疼痛通常比较局限，不影响日常生活，一般1 - 3天可自行缓解。注射部位红肿： 约10% - 20%的人会出现注射部位红肿，红肿范围一般较小，直径多在2 - 5厘米左右，也会在数天内消退。
全身反应：
发热： 少数人接种后可能出现发热，一般为低热，体温多在37.5℃ - 38.5℃之间，出现发热的时间多在接种后1 - 2天内，持续时间较短，大多不超过24小时。乏力： 约5% - 10%的人会感觉全身乏力，这种乏力感一般较轻，不影响正常活动，1 - 2天可恢复。头痛： 个别接种者可能会出现头痛症状，头痛程度一般较轻，通过休息等方式可缓解。
其他可能反应：
恶心： 极少数人接种后可能出现恶心症状，一般程度较轻，不需要特殊处理，可自行缓解。肌肉酸痛： 偶有接种者会出现接种侧上肢或其他部位肌肉酸痛，肌肉酸痛一般不严重，适当休息后可逐渐减轻。需要注意的是，以上反应大多是一过性的，一般不需要特殊治疗。但如果接种后出现严重的不良反应，如高热持续不退（超过24小时）、注射部位出现严重的化脓感染、呼吸困难等严重不适症状，应及时就医诊治。同时，接种HPV疫苗后仍需定期进行宫颈癌筛查，因为疫苗不能预防所有高危型HPV感染。