怀孕四十天有褐色分泌物，可能是以下原因引起的：
1.先兆流产：在怀孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能是由于胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等原因导致的。此时需要及时就医，医生可能会建议卧床休息、使用孕激素等保胎药物进行治疗。
2.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，其中以输卵管妊娠最为常见。宫外孕可能会导致阴道流血，颜色可为褐色或鲜红色。B超检查是诊断宫外孕的重要方法，一旦确诊，需要及时进行治疗，以避免输卵管破裂等严重后果。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，质地软而脆，容易发生接触性出血。怀孕后，激素水平的变化可能会导致息肉增大，从而引起阴道流血。医生会根据息肉的大小、位置等情况，决定是否进行息肉摘除术。
4.其他原因：除了上述原因外，胎盘前置、阴道炎、宫颈炎等也可能导致怀孕四十天有褐色分泌物。
总之，怀孕四十天有褐色分泌物需要引起重视，建议及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快，按时进行产前检查。