宝宝喉咙有疱疹且发烧，通常考虑是疱疹性咽峡炎或手足口病。可通过以下方式处理：
一、物理降温：若发热体温较低，未超过38.5℃，家长可用温毛巾擦拭宝宝额头、后背，或在额头放置退热贴等以帮助降温。
二、药物治疗：
1.疱疹性咽峡炎多因肠道病毒感染上呼吸道，手足口病则是肠病毒感染引发局部急性炎症，刺激咽部黏膜渗液形成疱疹，同时炎性因子刺激体温调节中枢致体温升高。家长可在医生指导下给宝宝使用人干扰素α2b喷雾剂局部喷洒，或遵医嘱使用利巴韦林颗粒、磷酸奥司他韦颗粒来抑制病毒繁殖。
2.若宝宝体温超过38.5℃，还可搭配使用小儿对乙酰氨基酚片、布洛芬干混悬剂等药物进行治疗。
三、消毒处理：若宝宝咽部肿胀严重，疱疹破裂出现溃疡面，可能继发细菌感染致创面扩大，家长可在医生指导下使用复方氯己定含漱液、聚维酮碘溶液等进行消毒以避免感染。
当宝宝喉咙有疱疹且伴有发热情况时，建议家长及时带其前往小儿耳鼻喉科就诊，一般可通过咽部视诊、血常规检查、体温测量等明确病情。治疗期间家长应避免给宝宝吃泡椒、芥末等辛辣食物，尽量以面汤、米粥等易于吞咽的食物为主以减轻咽部刺激，还应注意给宝宝多喝水，做好保暖措施，注意让宝宝多休息，这都有助于病情恢复。
总结：宝宝喉咙有疱疹伴发烧的处理包括物理降温、药物治疗和消毒处理，要及时就医明确病情，治疗期间注意饮食、保暖和休息等。