男性生殖器官感染后，使用哪种药物治疗较好，取决于感染的类型。以下是一些常见的治疗方法：
1.细菌感染：
头孢菌素类：如头孢呋辛酯、头孢克洛等。
喹诺酮类：如左氧氟沙星、环丙沙星等。
四环素类：如多西环素、米诺环素等。
2.真菌感染：
抗真菌药物：如氟康唑、伊曲康唑等。
3.病毒感染：
抗病毒药物：如阿昔洛韦、更昔洛韦等。
需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，因为不同的感染类型可能需要不同的治疗方案。此外，还应注意个人卫生，保持局部清洁，避免过度性生活，以及避免使用刺激性的清洁剂或药物。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。