咽喉有囊肿是否会癌变，不能一概而论。一般来说，大部分咽喉囊肿发生癌变的概率较低，可能在5%以下，但也不能完全排除癌变可能。
咽喉囊肿的类型差异
潴留囊肿：多是由于腺体导管阻塞，分泌物潴留形成。这类囊肿相对较常见，通常生长缓慢，发生癌变的几率极小。比如因慢性炎症刺激导致腺体导管堵塞引发的潴留囊肿，恶变风险很低。表皮样囊肿：起源于胚胎时期残留的外胚层细胞，相对少见。虽然其发生癌变的可能性比潴留囊肿稍高一些，但总体概率也较低，大概在10%以内。
与囊肿大小及部位的关系
小囊肿：直径小于1厘米的咽喉囊肿，通常不会对咽喉功能造成明显影响，发生癌变的风险非常小。患者可能没有明显症状，多在体检时发现。大囊肿：直径超过1厘米的咽喉囊肿，可能会引起咽喉异物感、吞咽不适等症状。较大的囊肿虽然发生癌变的概率也不是很高，但相对小囊肿而言，需要更密切关注，因为大囊肿可能会因为长期刺激咽喉组织，增加一定的恶变风险。不同部位囊肿：发生在声带部位的囊肿，可能会影响发声，不过其癌变几率和其他部位囊肿相比，并没有显著差异；而发生在会厌等特殊部位的囊肿，相对来说，医生会更加谨慎对待，因为这些部位的病变可能会带来更严重的后果，但癌变几率也并非很高。
与患者自身状况的关联
免疫力低下者：本身免疫力低下的人，如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，咽喉囊肿发生异常变化的风险可能会有所增加，虽然不一定会癌变，但相对健康人来说，需要更频繁监测囊肿情况。长期吸烟饮酒者：长期吸烟的人，烟草中的有害物质会刺激咽喉黏膜，饮酒也会对咽喉造成刺激，这类人群咽喉囊肿发生癌变的潜在风险比不吸烟饮酒者要高一些。有研究表明，长期吸烟饮酒者咽喉囊肿癌变几率可能比正常人群高2 - 3倍左右。