怀孕三个月头疼的原因包括睡眠不足、妊娠合并高血压、偏头痛以及其他因素等，需根据具体情况进行合适治疗以缓解症状。
一、睡眠不足：怀孕三个月时，若孕妇睡眠时间短或睡眠易醒导致睡眠不足，可使大脑缺血缺氧，进而引起头疼、头晕等症状。此时需要孕妇在睡眠方面加以调理，做到早睡早起，避免长时间熬夜，培养良好的睡眠习惯，让大脑能得到充分休息，从而改善头疼状况。
二、妊娠合并高血压：孕妇在怀孕三个月时若出现血压显著升高或存在妊娠合并高血压，会致使脑血管压力增加，从而出现头疼、头晕、眼花、耳鸣、视物模糊、胸闷等症状。孕妇需在专业医生指导下，依据病情使用降压药物进行治疗，并定期监测血压以便及时调整药物剂量，同时加强日常生活和饮食方面的调理，促使病情尽快好转。
三、偏头痛：怀孕三个月时，若孕妇情绪过度紧张、焦虑，心理压力过大，可能会诱发偏头痛发作，出现头疼、视物模糊、头晕等症状。孕妇可轻柔按摩头部，尽量不选用止痛药物，同时积极调整心态并保持乐观。
四、其他：怀孕三个月时，若孕妇受凉引发感冒，也可能导致头疼，还可能伴有鼻塞、流涕、头晕等症状，可在医生指导下服用蒲地蓝消炎口服液等药物，并且要注意多喝水。
总之，怀孕三个月头疼的原因多样，要根据具体病因采取相应措施来改善症状。