两个月宝宝脚抖动厉害持续3秒左右，可能与以下因素有关。
1.正常生理现象：宝宝的大脑发育尚未完善，神经髓鞘形成不完全，四肢活动主要由皮层下中枢控制，所以会出现四肢不自主、无目的抖动。这种抖动通常是突然的、短暂的，一天可能会出现数次，随着宝宝月龄的增长，神经系统逐渐发育完善，这种现象会逐渐消失。
2.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，导致钙磷代谢紊乱，会引起神经兴奋性增高，出现多汗、夜惊、烦躁不安、腿部肌肉抽搐等症状，表现为腿部抖动。此外，宝宝还可能有方颅、鸡胸、O型腿或X型腿等骨骼改变。家长可以带宝宝去医院检测血清25-(OH)D3、甲状旁腺素等，以明确诊断。确诊后，需要在医生的指导下给宝宝补充维生素D和钙剂，并多晒太阳。
3.低血糖：宝宝出生后如果进食不足，可能会导致低血糖，出现手抖、脚抖、面色苍白、哭闹不安等症状。家长可以给宝宝喂一些糖水或奶，如果症状缓解，说明可能是低血糖引起的。
4.低镁血症：如果宝宝体内镁离子缺乏，也会引起神经肌肉兴奋性增高，出现手足抽搐、震颤等症状。此外，宝宝还可能有烦躁、哭闹、惊厥等表现。家长可以带宝宝去医院检测血清镁离子水平，以明确诊断。确诊后，需要在医生的指导下给宝宝补充镁剂。
5.其他：宝宝受到惊吓、寒冷刺激、脑瘫等，也可能会出现脚抖动厉害的现象。
如果宝宝脚抖动厉害持续时间较长、频率较高，或伴有其他异常表现，如抽搐、意识不清、呼吸急促等，家长应及时带宝宝去医院就诊，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。