凌晨三点咳嗽的原因多样，包括咳嗽变异性哮喘、过敏相关疾病、肺结核、肺部感染等。患者需尽快就医检查，明确原因后积极对症治疗。
一、咳嗽变异性哮喘是凌晨咳嗽的常见原因。这是特殊类型的哮喘，主要表现为凌晨或夜间阵发性咳嗽，且易被呼吸道感染、花粉、香烟等诱发因素诱发。治疗可采用吸入糖皮质激素和β2受体激动剂的联合制剂，如氟替卡松、沙美特罗、布地奈德福莫特罗等。
二、与过敏相关的疾病如嗜酸粒细胞性支气管炎、变异性咳嗽，也会导致夜间和凌晨咳嗽。
三、肺结核患者多在夜间和凌晨咳嗽，若还伴有盗汗、潮热、痰中带血等症状，患肺结核的可能性极大。
四、按照中医学时间医学理论，凌晨三到五点属寅时，由肺经主宰，肺气易宣发而刺激呼吸道引发咳嗽，因此肺炎、支气管炎、慢性阻塞性肺疾病等肺部感染疾病，其咳嗽症状常在此时段加重。
总之，凌晨三点咳嗽属于时间性咳嗽，要依据具体病因和病症进行针对性治疗。