肛瘘的最佳疗法需根据具体病情来定，一般来说，手术是主要的治疗方式，如低位肛瘘可采用肛瘘切开术，通常术后恢复较快，约1~2周左右创面可逐渐愈合。
肛瘘切开术
适用情况： 适用于低位单纯性肛瘘，这种肛瘘的瘘管位于肛管直肠环以下。操作原理： 直接将瘘管切开，让创面敞开，依靠肉芽组织生长来愈合。术后要注意保持创面清洁，定期换药，一般每天或隔天需要进行创面换药，防止感染。
挂线疗法
适用情况： 多用于高位肛瘘。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。恢复时间： 一般需要10~14天左右橡皮筋会脱落，在此期间要注意观察橡皮筋的松紧情况，按照医生要求进行护理。患者需要避免剧烈运动，防止橡皮筋过早脱落导致出血等情况。
肛瘘切除术
适用情况： 对于低位单纯性肛瘘且瘘管较浅的情况可以考虑。术后注意： 术后要密切观察伤口出血情况，一般术后24小时内要注意有无渗血。同时要注意饮食，多吃蔬菜水果，保持大便通畅，避免大便干结刺激伤口，影响愈合，通常术后1个月左右基本能恢复。
非手术治疗辅助
药物坐浴： 可使用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1~2次，每次15~20分钟，能起到清洁创面、促进血液循环、缓解疼痛的作用。抗感染治疗： 当肛瘘出现感染、红肿疼痛时，可短期使用抗生素，如头孢类抗生素等，但一般不长期使用，使用时间通常不超过一周，需在医生指导下根据病情使用。