六岁儿童发烧39℃，可通过以下方法来处理：
一、使用退烧药
六岁儿童发烧达到39℃时，通常可以在医生的指导下口服对乙酰氨基酚口服溶液或布洛芬混悬液等退烧药，以此来进行紧急退烧治疗。与此同时，要注意让孩子多喝温开水，这样能促进排汗，进而有助于退烧。
二、物理降温
在服用退烧药后，如果体温没有迅速上升，且孩子没有哭闹或寒战等症状，一般可以通过洗温水澡、贴退热贴或者进行温水擦浴等方式来实施物理降温。比如洗温水澡时，水温可调节在37℃左右，时间不宜过长；贴退热贴可选择贴在额头等部位；温水擦浴可以用温湿毛巾擦拭孩子的颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富的部位。
三、针对病因治疗
六岁儿童发烧39℃的原因是比较多样的，可以针对具体病因进行治疗。倘若发烧是因为支原体感染且清除不彻底所导致的高烧，那么可以在医生的指导下，按照足够的疗程使用阿奇霉素等药物进行治疗。
总之，六岁儿童发烧39℃时，建议要及时前往医院就诊，明确病因后再进一步开展针对性的治疗。