肥儿丸的服用需遵循一定原则，一般来说，小儿服用肥儿丸时，3岁以内小儿一次1/2丸，3岁以上一次1丸，一日2次。
服用的年龄限制
3岁以下儿童：3岁以内小儿服用肥儿丸要谨慎，通常一次服用1/2丸即可，且需严格按照医嘱来用，因为儿童身体机能发育尚未完全成熟，对药物的耐受等情况与成人不同。3岁以上儿童：3岁以上儿童一次可服用1丸，一日服用2次，但也需在医生的指导下进行，根据儿童的具体病情等调整用量。
服用的搭配注意
与饮食的关系：服用肥儿丸时，一般建议在饭前或饭后适当时间服用。如果是饭前服用，需注意避免在空腹时过度饥饿状态下服药，可能会对肠胃产生较强刺激；如果是饭后服用，一般建议饭后1小时左右服用，减少药物对肠胃的直接刺激。同时，服用肥儿丸期间，要注意饮食清淡，避免食用油腻、辛辣、生冷等不易消化的食物，比如油炸食品、辣椒、冰淇淋等，以免影响药效。与其他药物：如果儿童正在服用其他药物，在服用肥儿丸前需告知医生。因为不同药物之间可能会发生相互作用，例如某些药物可能会影响肥儿丸的吸收，或者肥儿丸可能会干扰其他药物的代谢等。医生会综合评估是否能同时服用以及如何调整用药方案。
特殊人群的特别情况
脾胃虚弱者：本身脾胃虚弱的儿童服用肥儿丸要格外留意。可能会出现服药后消化不良加重等情况，如出现大便稀溏、腹痛加重等不适症状时，应及时就医，医生可能会根据情况调整用药。过敏体质儿童：如果儿童是过敏体质，对肥儿丸中的某些成分有可能发生过敏反应，如出现皮疹、瘙痒、呼吸急促等过敏症状，应立即停止服用肥儿丸，并及时带儿童就医进行抗过敏等治疗。